Au-delà de la ville, la baie et ses environs concentrent plusieurs sites majeurs.
Ouvert en 1937, il franchit le goulet reliant la baie au Pacifique. Sa traversée à pied ou à vélo est libre, et le brouillard d'été le masque fréquemment en après-midi.
L'ancienne prison fédérale, sur son île, se visite en traversée organisée avec réservation souvent plusieurs semaines à l'avance. La visite audio est réputée pour sa qualité.
Muir Woods et ses séquoias côtiers, Sausalito de l'autre côté du pont, la Napa Valley et Sonoma pour le vin, et Big Sur plus au sud, le long de la route côtière.
Réseau de bus et de tramways, cable cars, et BART pour relier l'aéroport et l'autre rive. La voiture est peu commode en ville, où le stationnement est coûteux et la conduite en pente exige des précautions particulières.